En octobre 1861, Napoléon III nomme à la tête du département le sénateur Charlemagne-Emile de Maupas, avec ordre de moderniser Marseille. La Préfecture, située depuis le Ier Empire à l'Hôtel Roux de Corse (actuel Lycée Montgrand), est trop exigüe pour une ville de grande importance. Maupas décide de faire construire, en perspective de la rue Saint-Ferréol, un nouvel édifice de 7500m2. En forme de quadrilatère, il s'organise autour de deux cours : une cour d'honneur semi circulaire, et une cour rectangulaire accueillant les écuries. Les plans et devis sont approuvés par le Conseil Général en février 1862. L'architecte du département, Auguste Martin, réalise le gros oeuvre jusqu'à sa démisssion en novembre 1864 les dépassements de devis, dont Maupas ne se souciait guère, deviennent préoccupants. François-Joseph Nolau, Second Prix de Rome, lui succède jusqu'en 1869 pour achever l'intérieur du monument : décors de peintures et de stucs, mobiliers, bronzes, lustres de cristal, etc. Les dépenses sont colossales. Pour réaliser les décors plafonnants, Nolau choisit avec l'accord de Maupas, l'artiste marseillais Antoine Dominique Magaud, célèbre pour ses portraits et ses peintures religieuses. Le chantier est considérable : quatre salons d'honneur et les appartements du Sénateur. L'ensemble est achevé en 1868, excepté le Salon de l'Horloge terminé en 1872. Le cycle peint, comme les sculptures ornementales glorifient le Second Empire et ses bienfaits. L'escalier d'honneur, comparable par sa majesté aux escaliers du Palais Longchamp, et dont la structure est à deux doubles révolutions, mène d'un côté aux appartements d'honneur, de l'autre vers les salles du Conseil général. La nouvelle Préfecture est inaugurée fin 1866, mais le 31 décembre, Maupas est révoqué. Son successeur, le préfet Levert, est contraint de payer les dettes tout en poursuivant l'oeuvre entreprise